Bestimmung
In der Regel erfolgt die Erfassung der Artenzusammensetzung gleichzeitig mit der Quantifizierung der Taxa während der Durchsicht der Sedimentationskammer, indem alle gefundenen Individuen bestimmt werden. Dabei wird die Zuordnung, wann immer möglich, auf Ebene der Art vorgenommen. Grundlage für die Bezeichnungen und Einordnungen ist die Phytoplankton-Referenzliste für die Nord- und Ostsee innerhalb des Bund/Länder Messprogramms (BLMP) in ihrer aktuellen Fassung. In dieser Taxaliste für die Küstengewässer inklusive der Übergangsgewässer sind im Gegensatz zu den Fließgewässern und Seen keine Mindestbestimmungsniveaus festgelegt, weil für die Bewertung außer Phaeocystis keine Indikatortaxa herangezogen werden.
Es gibt eine Reihe von Arten aus verschiedenen taxonomischen Gruppen, die ohne zusätzliche Hilfsmittel (z. B. mikroskopische Präparation, Schalenpräparate, Färbungen etc.) u. U. während der Routineauswertungen nicht bis zur Art bestimmt werden können. In den Sedimentationskammern ist beispielsweise ein Verschieben bzw. Präparieren der Individuen in eine günstige Lageposition nicht möglich. Solche Taxa werden dann einer höheren Ebene (z. B. Gattung, Ordnung oder Klasse) zugeordnet.
Nicht erfasst werden eindeutig leere Zellen, wenn beispielsweise nur noch die reinen Schalenhüllen von Diatomeen oder gepanzerten Dinoflagellaten ohne erkennbaren Zellinhalt gefunden werden.